Menentukan Kualitas Spektral dalam Proteomik Berbasis Spektrometri Massa: Tinjauan Retrospektif

ABSTRAK
Proteomik berbasis spektrometri massa sangat penting untuk memajukan pengobatan preventif dan personal. Kemajuan teknologi telah meningkatkan jumlah dan sensitivitas spektrum yang dihasilkan dalam satu percobaan. Secara tradisional, spektrum diidentifikasi menggunakan mesin pencari basis data yang bergantung pada basis data yang besar dan terus berkembang. Perluasan ini memperluas ruang pencarian, sehingga menimbulkan tantangan untuk mengendalikan tingkat penemuan palsu dalam identifikasi peptida. Sementara banyak alur kerja bioinformatika menggunakan algoritma penilaian ulang sebagai langkah pasca-pemrosesan untuk mengelola penemuan palsu, praproses spektrum menawarkan alternatif yang menjanjikan. Salah satu metode tersebut, penilaian kualitas spektral, mengklasifikasikan spektrum sebagai kualitas “tinggi” (kemungkinan mengandung peptida) atau kualitas “rendah” (sebagian besar terdiri dari derau). Tinjauan ini memberikan perspektif komprehensif tentang penilaian kualitas spektral, memeriksa alat yang ada dan prinsip-prinsip yang mendasarinya. Kami membahas pertimbangan utama seperti definisi kualitas spektral, normalisasi, penggunaan data pelatihan eksperimental, dan penelitian masa depan di lapangan. Dengan menyoroti potensi penilaian kualitas spektral untuk meningkatkan identifikasi peptida dan mengurangi penemuan palsu, kami bertujuan untuk menguraikan potensinya bagi komunitas proteomik.